所有类型的热交换器经过长时间的运行，不可避免会出现结垢、锈蚀等问题，其主要原因均是以自来水作为工作媒介，在外界条件（如温度、流速、浓度）改变时，水质多表现为不稳定的状态，继而产生结垢、腐蚀、生物粘泥等现象。
水垢、腐蚀以及微生物滋生等这三者不是孤立的，是互相联系、互相影响的，如水垢以及污垢往往结合在一起，结垢以及微生物粘泥又能引起或加剧腐蚀，使冷凝器管壁形成坚硬的水垢，由于水垢的导热系数较小,致使传热热阻增加，单位面积热负荷qf减少，冷凝器的传热效率降低，从而造成冷凝压力PL升高，耗电增加，制冷系数减少等一系列不良后果。

化学酸洗除垢法  

   1）利用制冷机的反向操作阀，将冷凝器中的制冷剂全部抽出，存入高压贮液桶和暂不使用的低压系统中。

   2）关闭冷凝器上的进气阀、出液阀、平衡管阀、混合气体阀、放油阀等阀门，停止冷凝器冷却水泵的工作。

   3）在酸洗槽内配制好除垢溶液，开动酸洗泵，使除垢剂溶液在冷凝器的冷凝管中循环流动24小时后，检查水垢脱落情况再确定是否继续清洗，一般情况下24小时后水垢基本清除干净。

   4）停止酸洗泵工作后，用圆形钢刷在冷凝管器的管壁内来回拉刷，并用清水将垢、锈冲洗干净。

   5）再用清水反复清洗残留在管内的除垢剂溶液，直至彻底干净。 

   6）对冷凝器进行气密性试验，以检查冷凝器管在除垢过程中是否有损伤管壁而造成的渗漏。确定冷凝器正常后，即可抽出冷凝器中的空气(抽真空)，使其投入正常运行。

电子磁水器除垢防垢法

 这种除垢方法适用于各种冷凝器，而且在不影响制冷系统正常运转的情况下进行除垢和预防结垢。电子磁水器的工作原理是将流经冷凝器的冷却水中的钙、镁和其它盐类在常温下以正负离子状态溶解于水中，当冷却水以一定的的速度流经磁水器的横向磁场时，溶解的钙、镁等离子获得感应电能，使其电荷状态发生变化，离子间的静电引力受到干扰和破坏，改变其结晶条件，使晶体的结构疏松，抗拉、抗压能力降低，不能形成粘结力强的坚硬水垢，成为松散的泥渣随冷却水的流动排出，这种除垢方法既能简便易行且可靠无毒，不易损伤冷凝器中的管壁，并且有效地防止新水垢的产生，而且还能清除原有的水垢，因为使用电子磁水器后，离子失去了结垢能力，这就对原有水垢失去了保护作用。